Giovanni Battista Guidi nacque a Collepardo (FR) il 26 aprile 1852, da Sebastiano Guidi e da Matilde Liverani.
Dopo gli studi ginnasiali nel Seminario di Alatri, passò in S. Maria in Aquiro, a Roma, e quindi alla Pontificia Università Gregoriana, dove ebbe come precettore il celebre astronomo gesuita padre Angelo Secchi. Dotato di straordinaria intelligenza e vasta cultura, nel 1871, a soli 19 anni, si laureò in Filosofia e contemporaneamente vinse il concorso per un posto al Seminario Pio.
L'anno seguente passò all'Università di Innsbruck (Austria), dove, sotto la direzione dei padri gesuiti, studiò le lingue ebraica, siriaca, caldea ed araba. Ottenuto il diploma di professore andò ad insegnare egli stesso tali lingue nel collegio dei Padri Agostiniani a Parigi. In seguito imparò anche le lingue inglese, francese, tedesca, spagnola, portoghese e russa, diventando un vero poliglotta.
Fu ordinato sacerdote a Vienna nel 1875, dalle mani del cardinale Jacobini, ed il 4 luglio dello stesso anno celebrò la sua Prima Messa nella Cappella dell'Adorazione Perpetua.
Due anni dopo ancora ad Innsbruck conseguì la laurea in Sacra Teologia. Nel novembre 1879 passò a Madrid in qualità di Segretario dell'Ambasciatore straordinario inviato dalla Santa Sede presso la Corte spagnola per il matrimonio di Re Alfonso XII con Cristina Arciduchessa d'Austria e vi rimase fino al 1883, esercitandovi l'ufficio di Segretario di Mons. Bianchi, allora Nunzio Apostolico in Spagna.
Fu inviato poi in Russia quale Segretario del Cardinale Vincenzo Vannuttelli, incaricato di rappresentare il Sommo Pontefice nell'incoronazione dello zar Alessandro III (26 maggio 1883). Passò quindi a San Pietroburgo e successivamente in Portogallo, sempre quale Segretario dello stesso Cardinale.
Nel giugno 1887 venne nominato Uditore della Nunziatura di Monaco di Baviera, e poi, dal 1890 al 1892, fu aggregato alla Segreteria di Stato da papa Leone XIII. Fu quindi inviato in Brasile come Uditore del Delegato apostolico mons. Girolamo Maria Gotti. Quando quest'ultimo venne nominato Cardinale e dovette tornare a Roma (1895), mons. Guidi ottenne egli stesso la nomina a Delegato apostolico.
Successivamente, tornato anche lui a Roma, ebbe modo, tra l'altro, di seguire una richiesta che la nostra vicina città di Alatri nel 1898 aveva inviato in Vaticano per ottenere l'autorizzazione alla Incoronazione della Madonna della Libera. Mons. Guidi si adoperò molto per questa causa, fino ad ottenere il desiderato permesso del Capitolo della Basilica Vaticana. Diversi anni dopo, don Pietro Ceci, che era stato parroco della Chiesa di S. Maria Maggiore in Alatri, volle intitolare la Biblioteca parrocchiale proprio a Mons. Guidi, definendolo "grande benemerito della città".
Sempre nel 1898 gli venne affidata dalla Santa Sede una delicata missione diplomatica presso la Repubblica dell'Equador, che egli seppe assolvere felicemente, tanto che nell'agosto del 1902 il Santo Padre, che lo aveva in grande stima e considerazione, lo insignì del titolo di Arcivescovo di Strauropoli ed il 25 settembre di quello stesso anno lo inviò, come Delegato apostolico, nelle Filippine. Egli giunse a Manila nel difficile momento della transizione dal regime coloniale spagnolo a quello statunitense e fu latore di un documento pontificio, la Bolla Papale "Quae mare Sinico", di enorme importanza per il rinnovamento della Chiesa Filippina.
Purtoppo la morte lo colpì a Manila il 22 luglio 1904, a soli 52 anni, e, a causa di ciò, il Sinodo Provinciale che egli aveva già convocato non poté essere celebrato che nel 1907.
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